"Viszont: ha én mondjuk Magyarországon lakom, és távmunkában dolgozom (alkalmazottként) egy másik ország vállalkozásánál, akkor felmerül a kérdés, hogy Magyarországon hogyan kell ezután adót/járulékot fizetnem.":
Ha Magyarországon élsz és dolgozol Magyarországon fizeted az adót / járulékot ugyanúgy ahogy eddig, függetlenül attól ki a munkáltatód. Akkor jársz jól, ha a munkáltatód regisztrálja magát Magyarországon kifizetőként, tehát vállalja az adók járulékok megfizetését. Egyébként neked kell ezt adminisztrálnod. Tehát jobban jársz, ha ezt leellenőrzöd mielőtt aláírod a szerződést.
"Elhangzott, hogy (mivel én fizetem be magamnak az adókat?) ezért ez már megbízásnak számítana, tehát nem lehetnék alkalmazott, csakis vállalkozó?": ilyen nem hangzott el. Nem attól leszel megbízási szerződésben foglalkoztatva, hogy magad után fizeted az adókat/járulékokat, hanem a szerződésed és a feledataid jellege alapján.