1635. május 12-én alapította Pázmány Péter esztergomi érsek a Nagyszombati Egyetemet az ellenreformáció jegyében. Az Egyetemen az oktatás 1635. novemberében kezdődött el, a jogi kar – Lósy Imre és Lippay György érsekek adományából – 1667. január 2-án kezdte meg működését.
Pázmány Péter esztergomi érsek a Nagyszombati Egyetemet megalapítását megelőzően a grazi egyetemen már komoly oktatói múltat tudhatott magáénak. Egy erős teológiai fakultást akart létrehozni, amely hatékonyan veszi fel a küzdelmet a reformációval. 1619-ben Bécsben ugyanezzel a céllal alapított kollégiumot (mai nevén: Pazmameum) a magyar lelkészképzés elősegítésére.
1635-ben a jezsuita rend római vezetője is jóváhagyását adta az egyetem létrehozásához. Az intézmény alapító oklevelét Pázmány Péter 1635. május 12-én bocsátotta ki.
Az esztergomi érsek szerette volna az akadémiát a császárral és a pápával is elismertetni. II. Ferdinánd király helybenhagyta az alapítást, VIII. Orbán pápa azonban megtagadta, hogy pápai bullával erősítse meg. A pápa azt kifogásolta, hogy az egyetem csak teológiai és bölcsészeti fakultással rendelkezett, jogi és orvosi fakultása nem volt.
A Nagyszombati Egyetemen az oktatás 1635. novemberében kezdődött el. Az intézmény első rektora, tényleges megszervezője Dobronoki György volt. A jogi kar – Lósy Imre és Lippay György érsekek adományából – 1667. január 2-án kezdte meg működését.
A jogi karon az alapítólevél szerint háromféle jogot kellett volna tanítani: kánonjogot, római jogot és hazai jogot. A római és a hazai jog oktatásához nem volt elegendő tanár, és a hallgatók körében sem volt népszerű, számuk messze elmaradt a várttól.
Problémát jelentett az is, hogy az egyetem nem tudott önálló helyiséget biztosítani a jogi kar előadásainak. A kánonjogot a teológián, a római és a hazai jogot Nagyszombatban, az esztergomi káptalan helyiségeiben tanították. A helyhiány miatt az előadásokat és a gyakorlatokat csak a kora reggeli és a déli órákban lehetett megtartani.
1753-ban Mária Terézia elrendelte az egyetem szervezeti és oktatási reformját. Háromról két évre csökkentette a bölcsészeti tanulmányok idejét és elrendelte a tanulmányi rendszer reformját is. A reformok érdekében 1765-ben tanulmányi bizottságot hívott össze, amely részletes szervezeti reformtervet is kidolgozott.
Mária Terézia 1769-ben az egyetemet királyi pártfogás alá helyezte és elrendelte az orvosi kar felállítását.
1770-ben megjelent az egyetem új szabályzata, a Norma Studiorum. A Norma Studiorum szerint az intézet élére elnököt (főigazgatót), a karok élére pedig kari igazgatókat neveztek ki. Az egyetem legfőbb irányító testületét (Consistorium) az elnök, a kari igazgatók és a kancellár alkotta.
A Consistorium mellett működött az akadémiai Magistratus, amely választott tisztviselőkből (rektor, kancellár, dékánok, seniorok) állt. A Magistratus szerepe csak formális volt.
1775-ben a jogászok tanulmányi idejét három évre emelték. A jogi fakultástól a jól képzett és a fennálló rendhez hűséges állami hivatalnokok oktatását várták el.
Mária Terézia 1777-ben rendelte el, hogy az egyetem Budára költözzön.
