Az Európai Unió támogatásai Magyarországon a Pénzügyminisztériumhoz tartozó Nemzeti Programengedélyező Iroda (kifizető hatóság) számlájára érkeznek. Mint Thuma Róbert főigazgató elmondta, az EU strukturális és kohéziós alapjaiból a 2004–2006-os időszakra két részletben érkezik előleg: 2004-ben 10 százalék, 2005-ben pedig további 6 százalék.
Emellett a felhasználásnak megfelelően, az elszámolások alapján folyamatosan történnek az átutalások, s végül a programzárást követően kerül sor a fennmaradó rész kiegyenlítésére. Az EU és Magyarország megállapodása alapján menetrend szerint rendben érkeznek az uniós pénzek Brüsszelből. Már a második részlet is megjelent a kifizető hatóság számláján. Ekként jelenleg összesen 38,12 milliárd forint (153,1 millió euró) van a „kasszában”, s még további 12,26 milliárd forint (49,44 millió euró) várható 2004 végéig – tájékoztatott a főigazgató.
Ezzel párhuzamosan – ahogy az egyes projektek megvalósítása előrehalad – a nyerteseknek a támogatási kereten belül folyamatosan lehetősége van számlák benyújtására. Fontos azonban szem előtt tartani, hogy kizárólag olyan számlák adhatók be, amelyek a pályázat beérkeztetési dátuma után keletkeztek. Ettől eltérni csak akkor lehet, ha a támogatási szerződés erre lehetőséget ad. A támogatási szerződés azt is pontosan rögzíti, ki a tényleges kifizető szerv; ez lehet az illetékes irányító hatóság, vagy annak valamely közreműködő szervezete. Amikor az irányító hatóság (vagy valamely közreműködő szervezete) jóváhagyja a benyújtott számlacsomagot, a jóváhagyott összeg erejéig utasítást ad a kifizetésre a Magyar Államkincstárnak, amely a pénzt átutalja arra a számlára, amit a kedvezményezett a támogatási szerződésben megjelölt. Ez a folyamat jogszabály szerint 60 napot vehet igénybe. Az irányító hatóság kompetenciája annak eldöntése is, hogy ad-e előleget vagy sem; ennek részaránya a teljes támogatási összegen belül maximum 25 százalékos lehet.
Amikor megtörtént a kifizetés, az irányító hatóság a kifizető hatóságtól igényelheti annak az összegnek az uniós támogatási részét, amit a kincstáron keresztül kifizetett; ezt a kifizető hatóságtól öt munkanapon belül visszakapja. A kifizető hatóság tehát az Európai Bizottság képviseletében az irányító hatóság felé uniós pénzeket átutaló hatóság is, de az új jogszabályokban már mint igazoló hatóság szerepel, hiszen a benyújtott számlákat még egyszer ellenőrzi.
