Az európai parlamenti képviselők támogatják a januárban felállítandó EU alapjogi ügynökség tervét, de ragaszkodnak ahhoz, hogy az új szerv hatáskörébe igazságügyi és rendőrségi ügyek is tartozzanak, amelyet egyes tagállamok hevesen elleneznek.

Az Ügynökség a jelenleg működő Rasszizmussal és Idegengyűlölettel Foglalkozó Európai Megfigyelő Központot hivatott felváltani 2007 elején, de egyes szakértők szerint a szerv létrehozása a tagállamok közötti véleménykülönbség miatt késlekedhet.

Az ügyben Gál Kinga magyar európai parlamenti képviselő (EEP-ED) készített jelentést, amelyről szeptember 13-án szavaz az EP illetékes bizottsága. Gál szerint nevetséges lenne egy olyan alapjogi ügynökség létrehozása, amely nem foglalkozna például a nő -és gyermekkereskedelem ügyével. Nézetét különböző emberi jogi aktivisták is osztják. Dick Oosting, az Amnesty International képviselője az EUobserver hírportálnak nyilatkozva kifejtette: az EU a hitelességét tenné kockára azzal, ha szemet hunyna az olyan kérdések felett, mint a rendőrségi zaklatás, rasszizmus, a kínzás vagy a fogva tartottakkal való bánásmód.

Németország, az Egyesült Királyság, Szlovákia és Málta ugyanakkor úgy véli, hogy nincs közösségi jogi alapja annak, hogy az ügynökségnek ilyen hatásköröket biztosítsanak. A Tanács jogi szakértői elismerték a jogalap hiányát, ezért a szembenálló felek álláspontjainak közeledése sem várható. Ennek ellenére a finn elnökség továbbra is bízik abban, hogy az ügynökségre vonatkozó jogszabályokról a következő hónapban megegyezés születhet a tagállamok között és azt az igazságügy miniszterek jövő heti ülésén el tudják fogadni.

Egyes európai parlamenti képviselők azzal érvelnek, hogy az ügynökség hatásköre duplikálná az Európa Tanács által gyakorolt hatásköröket. Ezen kritikára válaszul azonban a Parlament és a tagállamok abban egyeztek meg, hogy az ügynökségnek megalakulását követően „egyetértési memorandumot” kellene kötnie az Európai Tanáccsal.