A tagállamok külügyminiszterei megállapodtak arról, hogy az elkövetkezendő tizenhárom évben melyik tagország mikor töltheti be az EU soros elnöki posztját. A tíz újonnan csatlakozott tagállam közül elsőként Szlovénia elnökölhet 2008-ban.
A Tanács működése szempontjából kiemelkedő fontosságú a soros elnökség intézménye. A Tanács elnöki tisztségét félévente felváltva tölti be egy-egy tagállam. A soros elnök tagállam hívja össze a Tanácsot, elnököl nemcsak a Miniszterek Tanácsában, de az Európai Tanácsban is, ő hív fel szavazásra, és írja alá az elfogadott aktusokat.
Az elnöki periódusok összekapcsolódnak az Európai Tanács rendes (június és decemberi) üléseivel, miután azokat a féléves elnökség utolsó hónapjában, mintegy az elnökséget, illetve annak munkáját lezáróan szokták megtartani.
A soros elnökség a következőképpen alakul a következő években:
Ausztria: 2006. január – június
Finnország: 2006 július – december
Németország: 2007. január – június
Portugália: . július – december
Szlovénia: 2008. január – június
Franciaország: 2008. július – december
Csehország: 2009.január – június
Svédország: 2009. július – december
Spanyolország: 2010. január – június
Belgium: 2010. július – december
Magyarország: 2011. január – június
Lengyelország: 2011. július – december
Dánia: 2012. január – június
Ciprus: 2012. július – december
Írország: 2013. január – június
Litvánia: 2013. július – december
Görögország: 2014. január – június
Olaszország: 2014. július – december
Lettország: 2015. január – június
Luxembourg: 2015. július – december
Hollandia: 2016. január – június
Szlovákia: 2016. július – december
Málta: 2017. január – június
Egyesült Királyság: 2017. július – december
Észtország: 2018. január – június
