A Magyar Helsinki Bizottság – más civil szervezetekkel együtt – együttműködési megállapodást kötött a kisebbségi ombudsmannal 2008. augusztus 26-án.

A kisebbségi biztos az együttműködési megállapodást abból a célból
kezdeményezte, hogyi a civil szervezetekkel az eddigi, kifejezetten a nemzeti és etnikai kisebbségek jogvédelmére korlátozódó kapcsolatát felváltsa egy kölcsönösen hasznos, egymás érdekeit tiszteletben tartó kooperációra, olyan munkakapcsolatra, amelyben egymás autonómiájának, cselekvési szabadságának tiszteletben tartásával, az eddigieknél hatékonyabb együttműködést sikerül majd elérni az emberi
jogi sérelmek orvoslása terén.

Az együttműködési megállapodás szerint a kisebbségi biztos és a Helsinki Bizottság például konzultálnak majd a kisebbségi biztos jogalkotást érintő javaslatairól, kölcsönösen egyeztetik álláspontjaikat a nemzetközi egyezmények kormánybeszámolói elkészítésével összefüggésben, egyetértés esetén közösen lépnek fel, valamint együttműködnek antidiszkriminációs és emberi jogi képzések szervezésében. A kisebbségi biztos hatáskörét érintő témákban készített jelentéseiket és tanulmányaikat egymásnak kölcsönösen megküldik, valamint a Bizottság kérésére kisebbségi peres ügyekben a biztos munkatársai jogértelmezést (amicus curiae levelet) készítenek.